如果股东会决议注销公司但股东不签字，这并不一定直接违反《公司法》规定。根据《公司法》的相关规定，股东会决议的作出通常需要按照公司章程规定的表决方式进行。在股东不签字的情况下，如果股东会仍然能够依据公司章程和《公司法》第四十三条的规定（股东会会议作出修改公司章程、增加或者减少注册资本的决议，以及公司合并、分立、解散或者变更公司形式的决议，必须经代表三分之二以上表决权的股东通过），达到法定或章程规定的表决比例，那么该决议仍然有效。因此，关键在于决议的表决过程是否符合法律和章程的规定。
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在不同情况下处理股东不签字导致的公司注销难题，可以采取以下方案：首先，若股东因故无法出席，可依据公司章程规定委托他人代为投票；其次，若股东对决议内容有异议，应充分听取其意见并进行协商，必要时可调整决议内容；最后，若协商无果且决议合法有效，可依据决议继续办理公司注销手续，同时确保所有法定程序得到遵守。
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从法律角度，确保公司注销过程中股东权益得到保护，应做到：确保股东会决议的合法性，包括召集程序、表决方式等符合《公司法》及公司章程规定；充分保障股东的知情权、参与权和表决权，确保股东能够充分表达意见；对于持异议的股东，应提供合理的退出机制，如回购股权等；同时，注销过程中应严格遵守相关法律法规，确保程序正当、合法，避免侵害股东合法权益。