微信支付宝因合同纠纷被冻结后，还清款项一般可申请解封。依据《民事诉讼法》等相关法律，冻结有执行期限，通常一年。若到期未续冻，将自动解除。若未及时解封，可能影响资金使用及信用记录。
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还清后申请解封。操作如下：1.与原告协商，达成一致后申请解封；2.若协商无果，向法院提起诉讼，请求解封；3.若冻结即将到期且原告未续冻，等待自动解封即可。注意保留还款证据，以便解封申请。
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处理微信支付宝冻结的常见方式有协商、诉讼或等待自动解封。若已还清款项，可与原告协商解封；协商不成，可通过诉讼解决；若冻结已近一年，也可等待自动解除。选择方式需根据具体情况及效率需求决定。