在签订土地使用权作价出资入股协议时，您可能会关心是否需要经过相关部门的审批。根据《中华人民共和国土地管理法》第六十三条的相关规定，虽然该法条主要规定了土地利用总体规划、土地利用年度计划等宏观管理内容，并未直接说明土地使用权作价出资入股的具体审批流程，但实际操作中，此类协议往往涉及土地使用权的变更，因此很可能需要按照当地土地管理部门的具体规定进行审批或备案。建议您在签订协议前，详细了解并遵守当地的相关规定。
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若协议双方对土地使用权价值有争议，可采取以下方案：首先，尝试通过友好协商达成一致；其次，若协商不成，可聘请专业评估机构对土地使用权进行价值评估；最后，根据评估结果重新协商或依据协议中的争议解决方式处理，如仲裁或诉讼。
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从法律角度，土地使用权作价出资入股协议应注意：明确双方身份信息；清晰描述土地地址、使用价格等关键条款；详细规定履行方式、期限及违约责任；设定合理的争议解决机制；确保协议双方签字并注明时间。此外，还需注意遵守当地土地管理法规，确保协议的合法性和有效性。